唐武周垂拱元年（公元685年），武则天敕修白马寺，这是白马寺历史上的黄金时代。
唐代天宝十四年（公元755年）发生的“安史之乱”，对东都洛阳的破坏甚为严重。白马寺当亦然。“安史之乱”以后的白马寺，还保存着一些唐代或唐代以前的断碑。
唐代末年，洛阳长时期陷入战乱兵火。白马寺再次遭受战乱的破坏。
到了宋代，采取适当保护佛教的政策宋代淳化三年（公元992年）宋太宗敕修白马寺。
明代初年，以禅宗中的临济宗最流行。洪武二十三年（公元1390年），太祖朱元璋敕修白马寺；景泰年间，明政府曾规定各地寺观产业限制为六十亩。
嘉靖三十四年（公元1555年），身为朝廷司礼监掌印太监兼总督东厂之职的黄锦，又一次大规模整修白马寺。由黄锦撰文的《重修古刹白马禅寺记》石碑，保存了关于此次重修的详细资料。此次重修，大体上奠定了今日白马寺的规模和布局，在白马寺沿革史上意义重大。据解放后地面实测，白马寺总面积为四万平方米左右，这和明代重修时占地六十二亩的记载基本相合。
明代末年，洛阳又遭战乱破坏。清代同治元年（公元1862年），立佛殿（接引殿）被焚烧；光绪九年（公元1883年）复被重建。接引殿是寺内现存规模最小，重建最晚的一重大殿。清代宣统二年（公元1910年），曾重修清凉台之毗卢阁。
一九三一年“九·一八”事变之后，尤其是一九三二年“一·二八”上海事变发生后，南京国民党政府受到强敌威胁，决计迁都洛阳。国民党中央委员张继等来洛阳，往访白马寺。时白马寺墙败宇塌，庭阶荒芜，即于一九三一年委请上海佛教会德浩法师住锡白马寺，重行营建。此次重修，修建了山门内左右两侧的门头堂、云水堂和天王殿、大佛殿两侧的客堂、祖堂、禅堂、斋堂，又在寺院东南、西南各修建方形歇山顶二层阁楼一座（即钟、鼓楼，也称角楼），以青石镶包了印度高僧墓和天王殿、大佛殿的台基，补修了各殿阁、厢房之门窗；配置铜铁器，铸宝鼎、铜牌、铜钟，并把一尊高约0.90米的白玉佛迁奉于毗卢阁内。
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