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安师大学子三下乡:知测序流程,定科研之心

来源:安徽师范大学生命科学学院 作者:薛子良

经过昨天一天的学习生活,大家逐渐进入了工作状态。上午大家已经可以熟练的遵守实验室准则在更换衣物后进入实验室,本次的实验是草莓DNA的时提取,在实验室中大家根据操作步骤依次按照粉碎-裂解-过滤-析出的顺序顺利完成实验,并在实验中与老师进行激烈的探讨,积极交流实验中的实验现象和注意事项。

下午我们和昨天一样在三楼的会议厅进行基本知识的培训,老师主要介绍了该公司在基因测序方面使用的方法以及流程,首先是DNA的二代测序流程,从提取DNA使细胞裂解释放DNA进行纯化和鉴定再进行建库将DNA打断修复在两端加A修饰并进行片段的分选和PCR扩展,并对DNA进行质控检测和pooling将数据量转化为DNA总量比最后进行测序。在构建链特异性RNA文库的构建中会使用掺U法,在目标RNA反转录出DNA-RNA复合物后,使用特定酶对RNA进行降解得到cDNA单链,为了在cDNA形成双链后能特异性识别出那条为正义链和反义链使用掺U反,将后形成的DNA中添加U碱基使其被标记以探知序列的方向性。该公司在人类基因产品上涉及广猎,主要包括人类全基因组重测序、人全外显子组测序和目标区域测序,可应用于肿瘤的研究、遗传病家族系的研究和全基因组的关联分析。在WES上有高通量的核酸提取、文库构建品台,每天可以进行500例样本的核算提取,实验周期短。并有全套试剂进口,外显子文库构建核酸起始量可低至20ng。并有高水平的补捕获效率。不论是肿瘤分析、遗传病分析还是全基因组关联分析,分析条目都是市场上最全面的。最后在微分基因微生物生物产品的研究上具有三大条途径,使用了全基因组de nove 测序,在不依赖于参考基因的情况下对基因进行测序及拼接,从而绘制物种的全基因序列图谱。操作流程包括基因组DNA-DNA小片段文库构建-二代/三代测序-数据监控-数据组装-组裝结果评估。

今天的收获不仅仅在了解未来发展的方面,更多的是了解了全球先进的基因检测方法以及在检测过程中一些基本原理,我们还处在科学研究的入门阶段,还有更多的知识技术手段等待我们学习钻研,科研是一条长远的路,我们可能需要用一辈子来探索生物未知的科学道路

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