2002年党的十六大报告明确提出“统筹城乡经济发展”的重大命题，并在党的十六届四中全会确定“工业反哺农业、城市支持农村”的指导思想，同年中央下发《中共中央、国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》，提出“从农村经济社会发展实际出发，深化农村卫生体制机制改革，将卫生投入重点向农村倾斜”，并在总结传统农村合作医疗制度的经验后，提出“要积极引导农民建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度”。作为农民医疗互助共济制度，新型农村合作医疗制度因其政府财政补助高而个人缴费相对低，受到广大农民普遍欢迎，帮助农民获得基本卫生服务、缓解农民因病致贫和因病返贫方面发挥重要作用，2010年新型农村合作医疗基本覆盖全国农村居民。
为进一步解决医疗卫生资源配置不平衡，城乡间差异较大的局面，2006年，卫生部等四部门联合下发《农村卫生服务体系建设与发展规划》，提出“加大投入用于解决农村卫生院业务用房破旧、短缺的问题，改善农民就诊条件，加强卫生院基础设施建设，逐步建立起满足农民医疗保健需求的农村卫生服务网络”，通过规划建设，切实改善农村卫生服务条件和服务环境，提高农村卫生服务能力，提高农民健康水平，防止农民“因病致贫，因病返贫”。2009年初，出台《关于深化医药卫生体制改革的意见》，突出“政府主导”，强调医疗卫生事业的公益性和政府的公共职责，目标是建立覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度，改革原则是“保基本、强基层、建机制”，将基本医疗卫生服务作为公共产品向全民提供。2016年习近平总书记在全国卫生与健康大会上强调把人民健康放在优先发展战略地位，努力全方位全周期保障人民健康。同年公布的《“十三五”期间深化医藥卫生体制改革规划》，明确提出到2020年，基本建立覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度，充分发挥基本医疗卫生服务的制度优势，逐步实现人人享有基本医疗卫生服务。
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