黄河流域主要河流水环境中的污染物浓度，不但超过了渔业用水水质标准，而且，在一些主要支流如汾河、渭河、湟水、伊洛河、大汶河、涑水河等河流的中、下游河段或城市河段，有机耗氧类和氨氮、挥发酚等污染物的浓度已经达到或超过了鱼类的致死浓度。因而，在这些支流除一些湖库河段或河流末稍外，其它河段鱼类早已绝迹或基本绝迹。
根据1979-82年进行的《黄河干流水质污染对生物毒性影响及生物学评价》，在黄河干流发现的96种藻类中,属重污型的占9%,轻污类型的占74%，寡污类型的占17%;兰州段1972年前有18个鱼类种群，到评价时，已经有8个种群绝迹。汞、酚、砷、Cd、Cr+6等有毒有害污染物在鱼体中均有残留，其年中总汞和挥发酚的残留量已经超过食用标准。据有关文献报导，石油类污染物浓度在0.01-0.1mg/l，就能使鱼类明显地造成干扰摄食和繁殖这样一类细胞过程和生理过程;鱼类对水中总汞的富集因子可达10000倍左右。黄河兰州段水体中石油类年平均值一般在0.3-0.5mg/l左右，超过渔业用水标准5-9倍，全河汞含量监测值常在0.0001mg/l左右。可见，黄河干流的水污染状况已经直接影响了渔类种群的数量和质量。
根据1984-1986年进行的《利用鱼类微核技术评价黄河重金属污染物致突变的研究》，黄河潼关、花园口、洛口河段的鱼类微核率已经达到5-10‰，说明黄河鱼类已受到致癌类污染物的影响，并通过进一步的分析证明，造成鱼类微核的污染物主要是有机化学物。这与初步证实的黄河水体中存在较高浓度的多环芳烃等有机化学致癌、致畸、致突变物质是吻合的。同时其对农作物也有不小的危害，水污染对农作物的危害，主要是由于直接或间接利用污水进行灌溉引起的。最后会流入人体，从而造成对人体的危害。
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