（1）水土流失日趋严重。黄河源区水力侵蚀、风力侵蚀、冻融侵蚀和重力侵蚀交错并存。近年来，随着人口的增加和社会经济的发展，黄河源区各种开发建设项目逐渐增多，修建铁路、公路、水利水电工程，开发矿产资源等人为活动不同程度地破坏了部分优良草场和天然植被，新的人为水土流失日趋严重；非法淘金、采药、挖沙以及对原生植被的滥伐滥垦，也造成黄河源区植被大面积破坏，进一步加剧了水土流失，使本来就十分脆弱的生态环境日趋恶化。根据水利部1999年土壤侵蚀遥感普查结果，黄河源区水土流失面积4.55万km2，其中水力侵蚀2.2万km2，占48.3%；风力侵蚀1.1万km2，占24.3%；冻融侵蚀1.2万km2，占27.02%。与1995年调查结果相比，水土流失的广度和深度均呈上升趋势，平均土壤侵蚀模数增加了56t/km2.a，达2900t/ km2.a。严重的水土流失不但使该区生态环境日趋恶化，而且加剧了干旱、泥石流等灾害的发生频率，给当地群众生产生活造成严重困难；每年输入龙羊峡水库的沙量达134万m3，严重威胁着龙羊峡水电站的运行安全。
（2）草场退化、土地沙化加剧。在二十世纪中叶以前，黄河源区仍然是水草丰美的地方，植被覆盖度大，草场高度在1m以上，长势好，品种多。然而到了二十世纪八十年代，随着人口的不断增加，超载放牧、垦草种粮等现象日趋严重。加之在经济建设和资源开发中缺乏生态保护意识，致使黄河源区草场严重退化，土地沙化加剧。据调查，黄河源区上世纪80-90年代年均草原退化速率比70-80年代增加了3倍多。截至目前，黄河源区中度以上退化草场面积近7.33万km2，占草场总面积的78%。黄河源头第一县玛多县草地退化1.61万km2，约占全县草地面积的83%，有7000多人成为生态难民。玉树州曲麻莱县就有3300 km2的草场被开挖，草地严重沙化。由于草场大面积沙化，给当地畜牧业生产造成严重影响。地处黄河源头纯牧业的玛多县，90年代年均牲畜存栏数比1979年下降了58.4%，人均占有量下降了65.7%，38%的牧民被迫迁移他乡。土地荒漠化的年均增加速率也由70-80年代的3.9%剧增至80-90年代的11.8—20%，并呈逐年加快趋势。共和盆地是土地荒漠化速度最快的区域，年均增加2.8%。
（3）鼠害分布广、日益猖獗。由于草场退化和沙化，鹰、狐等鼠类天地赖以生存的条件逐渐消失，致使鼠害猖獗。以食草为生的高原鼠兔和以食草根为生的鼢鼠对草场破坏极大，造成的经济损失严重。据调查，青海省鼠害发生面积已占可利用草地面积的29%；果洛州平均每公顷有高原鼠兔120只、鼠兔洞口1624个，每年消耗牧草47亿公斤，相当于286万只羊1年的饲草量。鼠类在草地上的啃食、掘洞造成大面积的裸地，年复一年形成寸草不生的“黑土滩”。黄河源区草场中“黑土滩”的面积达3.33万hm2，占草场总面积的35%左右。
（4）水源涵养功能减退。由于黄河源区植被大面积破坏，水土流失日益严重，源区水源涵养调节功能明显下降。表现为湿地缩小、湖泊萎缩、径流减少。近年来源区许多小湖泊消失或成为盐沼地，湿地变为旱草滩。黄河源头的两大“蓄水池”鄂陵湖和扎陵湖水位已经下降了2m以上，并且两湖间曾经发生过断流。目前，鄂陵湖出湖水量只有3m3/s。黄河源头河段1997年也出现了断流，1998年曾创下了断流98天的记录。由于径流减少、水位低，黄河源头玛多县水电站建成后长期不能启用发电。黄河干流上游青海段1988-1996年9年间平均径流量比过去34年的平均径流量减少了23.2%。黄河源区径流量的锐减也是造成黄河中下游断流时间提前、持续时间延长的重要原因之一。
（5）生物多样性种类和数量锐减。青藏高原孕育了独特的生物区系和植被类型，被誉为高原生物种质资源库。草地植被退化、湿地萎缩、土地荒漠化导致了野生动植物栖息环境恶化、分布区域缩小。加上人为猎捕野生动物和大量采掘珍贵药材等植物，使黄河源区特有的动、植物种群数量大为减少，一些物种甚至濒临灭绝。目前，黄河源区受威胁的生物物种约占总数的15-20%。
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